L'Ecomuseu de les Valls d'Àneu ha estat nomenat i ha obtingut diferents premis i guardons: El 1995 obté el Premi Nacional de Cultura Popular, atorgat pel Departament de Cultura de la Generalitat de Catalunya. El 1998 és nomenat al Premi Museu Europeu de l'any. El 1999 obté el Premi del Ministerio de Medio Ambiente per la contribució a la conservació dels espais Naturals Protegits a Espanya.