El Ecomuseu de les Valls d'Àneu ha estado nomindo y ha obtenido diferentes premios i galardones: El 1995 obtiene el Premio Nacional de Cultura Popular, atorgado por el Departament de Cultura de la Generalitat de Catalunya. El 1998 es nominado al Premio Museu Europeo del año. El 1999 obtiene el Premio del Ministerio de Medio Ambiente por la contribución a la conservación de los espacios Naturales Protegidos en España.