Sant Joan de Isil esta alejado del pueblo, como sucede a menudo en las valles de Àneu con las iglesias románicas. Adosado en el sur de la construcción hay el cementerio. La iglesia es un edificio del siglo XII que parece responder a distintos proyectos de obras y reformas. Lo que nos ha llegado es una construcción de planta basilical de tres naves orientadas a levante por tres absides semicirculares de estilo lombardo. Esta construida sobre el cauce del río de la Noguera Pallaresa.

El muro meridional es el más importante, ya que iene una abundante decoración escultórica. Se encuentra la portada con tres arquivoltas de medio punto, que a lado y lado, presentan columnas con sendos capiteles esculpidos. Son remarcables también, bajo el alero de la cubierta, los relieves esculpidos sobre las sucesiones de arcos. El alero queda interrumpido por la colocación, en un momento indeterminado después de su construcción, de dos estelas esculpidas parecidas a las de Sant Lliser de Alós de Isil.

Para acceder al cementerio y a la misma iglesia se ha de pasar por un portal que en su parte exterior mantiene las marcas que cada año se hacen con el paso de las fallas encendidas de Sant Joan.

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