Sant Joan de Isil está alejada del pueblo, como pasa a menudo a valles de Àneu con las iglesias románicas. Adosado a sur de la construcción hay el cementerio. La iglesia es un edificio del siglo XII que parece responder a diferentes proyectos de obras y reformas. Lo que nos ha llegado es una construcción de planta basilical, de tres naves encaradas a levante por tres ábsides semicirculares de estilo lombardo. Esta cabecera está construida sobre el cauce de la Noguera Pallaresa.

El muro meridional es lo más importante, puesto que tiene una abundante decoración escultórica. Se encuentra la portada con tres arquivoltas de medio punto, que a ambos lados, presentan columnas con sendos capiteles esculpidos. Son remarcables también, bajo el alero de la cubierta, los relevos esculpidos por sobre las arcuaciones ajedrezadas. El alero queda interrumpido por la colocación, en un momento indeterminado después de su construcción, de dos estrellas esculpidas parecidas a las de Santo Lliser de Alós de Isil.
Para acceder al cementerio y en la misma iglesia se tiene que pasar por un portal que en su parte exterior mantiene las marcas que cada año se hacen la noche de San Juan con las fallas encendidas.